His position in the Three Communities, however, was undermined when the dispute broke out concerning his suspected leanings toward Shabbateanism. This controversy accompanied R. Eybeschuetz throughout his life, and the quarrel had repercussions in every community from Holland to Poland. His main opponent was R. Jacob Emden, also a famous talmudist and a potential rival in the candidature to the rabbinate of the Three Communities. The quarrel developed into a great public dispute which divided the rabbis of the day. While most of the German rabbis opposed R. Eybeschuetz, his support came from the rabbis of Poland and Moravia. A fruitless attempt at mediation was made by R. Ezekiel Landau, rabbi of Prague. Most of R. Eybeschuetz' own community was loyal to him and confidently accepted his refutation of the charges made by his opponent, but dissension reached such a pitch that both sides appealed to the authorities in Hamburg and the government of Denmark for a judicial ruling. The king favored R. Eybeschuetz and ordered new elections, which resulted in his reappointment. After his reelection as rabbi of the Three Communities, some rabbis of Frankfort, Amsterdam, and Metz challenged him to appear before them to reply to the suspicions raised against him. R. Eybeschuetz refused, and when the matter was brought before the Council of the Four Lands in 1753, the council issued a ruling in his favor. In 1760 the quarrel broke out once more when some Shabbatean elements were discovered among the students of R. Eybeschuetz' yeshivah. At the same time his younger son, Wolf, presented himself as a Shabbatean prophet, with the result that the yeshivah was closed.

שני החלקים הובאו לדפוס על-ידי יהודא ליב ב"ר משה ווירמייז (ווירמייש) מקארלסרוא, שכבר הדפיס שלושה ספרים של ר' יהונתן. שלושים דרשות והספדים.

הסכמות לחלק א: ר' ארי' ליב [גינצבורג], מיץ, ח כסליו תקל"ט; - חלק א ר' דוד דישבעק מפיורדא, ריש מתיבתא ורישא דבי' מותבא רבא בק"ק מיץ, כה כסליו תקל"ט; - חלק א ר' ידידי' המכונה טיאה ווייל מפראג, קרלסרוא, יב מנחם- [אב] תקל"ט; - חלק א ר' בנימן ב"ר וואלף, פוסוויילר, ראש חודש שבט תקל"ט; - חלק א ר' ראובן שמעון פלעגנה, דארמשטאט [בלא תאריך]. - חלק א הסכמות לחלק ב: ר' ארי' ליב [גינצבורג], מיץ, כא אדר ראשון תק"ם; - חלק ב ר' ידידי' המכונה טיאה ווייל מפראג, קרלסרוא, א דראש חודש כסליו תקמ"ב. - חלק ב חלק א: חש"מ, בשנת ש'מ'ע' ב'נ'י' מ'ו'סר א'ביך' [תקל"ט]. [4], קטז דף. דף [4]: "הקדמה מבן אחיו ותלמידו של המחבר ... אשר הוציא לאור והעלה [את הספר] על מזבח הדפוס", ר' יעקב בהרב המנוח יהודא ליב ז"ל מ"ק וואיידסלוב. חלק ב: חלק שני מספר יערות דבש ... מה שדרש בק"ק מיץ ... מוסיף על הראשונים ... מה שדרש ... בגק"ק אה"ו. דפוס מאקילאט, בשנת ו'הו'כ'יח' ב'מיש'ור' [תקמ"ב]. [4], קטז דף. דף [3]: "הקדמה מבן אחיו ותלמידו", ר' יעקב.