In 1798 he received a license to establish a German and Hebrew press in partnership with Baruch Baschwitz. In 1800 Heidenheim began the publication of his most famous work, the nine-volume edition of the mahzor, Sefer Kerovot (Roedelheim, 1800–02), which went through numerous printings. The work included the first pure German translation (in Hebrew characters) of the liturgical poems for the festivals (individual pieces were translated by his friends Wolf Breidenbach and Baer Bing), a Hebrew commentary and a literary historical introduction, and an alphabetical summary of the liturgical poets. Heidenheim devoted great care to typographical setup as well as to the restoration of the correct text of the prayers. With this objective, he drew on manuscripts and occasionally on old printed texts. The prominent rabbis of his time approved of Heidenheim's work and also contributed notes and comments to many piyyutim. Despite the haskamot of these rabbis prohibiting the reprinting of Heidenheim's mahzor, many pirated editions appeared in the 19th century.

His other works in the field of liturgy include a small edition of the daily prayers, Sefat Emet (Roedelheim, 1806), distinguished for its correctness and typographical beauty, which went through more than 150 printings; a larger prayer book, Safah Berurah (1825), with German translation in Hebrew characters; the ritual for Passover eve (Roedelheim, 1822–23); for Purim (1825); for the month of Av (1826); for the night of Shavu'ot and Hoshana Rabba (1830); and penitential prayers (Roedelheim, 1823). In the edition of the prayer book Siddur li-Venei Yisrael (1831), which presented his translation in German letters for the first time, Heidenheim made many concessions to efforts for reform in that he omitted individual prayers and printed a preface by Michael D. Creizenach on the prayers. In Orthodox circles, Heidenheim was very much blamed for this, just as his approval of the innovations of the Kassel Consistory (in his foreword to Menachem Mendel Steinhardt's Divrei Iggeret, Roedelheim, 1812) had shocked them. Heidenheim also made major contributions to the field of masoretic studies. He published the Mishpetei ha-Te'amim (Roedelheim, 1808) on biblical accents; and an edition of the Pentateuch in four different forms, all containing material important to the masoretic text and commentaries, as well as the editions of medieval masoretic texts. Works of later scholars heavily relied on Heidenheim's materials, both printed and manuscripts. Many of Heidenheim's works remained unpublished and most of his manuscripts were acquired by the Bodleian Library in Oxford.

נדפס במקביל לחומשים "מודע לבינה", "מאור עינים" ו"תורת משה", שנערכו ונדפסו גם הם על ידי היידנהיים. הדפסת הטקסט של התורה זהה בכולם, אך העימוד שונה. רבות מההוספות שבחומש הנוכחי נדפסו גם בשני החומשים האחרים. ראינו טפסים בהם נדפסו התפילות והפיוטים בסדר-אותיות שונה (הן בפיוטים כמנהג אשכנז והן בפיוטים כמנהג פולין). מהקדמת היידנהיים, בראש בראשית: "החומש הזה... הוא על דמות ותאר ווי העמודים להחכם הר"ר יהודא פיזא ז"ל [דף-על-דף ושורה-על-שורה, על-פי הוצאתו ה"בלתי נקודות", עם "מאיר נתיב" בסוף כל חומש]... חברתי אליו... בגליון העמודים (עין הסופר), מסורות התיבות לדעת המלאים הם או חסרים... כל הדברים שכתבתי בחיבורי עין הסופר כולם הלכות ברורות המיוסדות על ס' מסרת סיג לתורה להרמ"ה [ר' מאיר הלוי אבולעפיה, פירינצי תק"י]... ראיתי מן הצורך להעתיק הנה כללותיו [של הרמ"ה]". בראשית, דף סד,ב: דברים מאת ר' אליהו ב"ר עזריאל מספרו מכתב מאליהו (נספח לספר "אור תורה" לר' מנחם די לונזאנו, הומבורג פר דער הא תצ"ח) בענין כתיבת "יהודה אתה יודוך אחיך". בהמשך, דף [1]: ביאור הסימנים של "סכום פסוקי דספר בראשית" וסדריו. מעבר לשער ההפטרות כותב המהדיר: "ההפטרות... מתוקני' ומדויקים עפה"מ והס"מ וכ"י [על פי המסורה וספרים מדויקים וכתובי-יד] המאושרים וע"פ החכם היש"ן [ידידיה שלמה נורצי] בעל מנחת שי מבלי שום הערה, רק במקום שמצאתי מחלקת... והחכם היש"ן לא העיר עליו או שצדד בהכרעתו או שנתעלמה ממנו הלכה, שם שמתי דברתי... במילין מעטים". בספר דברים, דף רסו,ב: "חתימה. אמר בנימין... איש היידנהיים... הר"ר שלום זעליגמן שמש שי' גם הוא הי' לי לישועה לבדוק אחרי ולהיות לי מעיר לעזור". בסוף ה"חתימה": תיקונים לעין הסופר. ראינו טופס שבו נוספו לפני תיקונים אלו גם תיקוני טעויות בטעמי המקרא.

בסוף כל חומש רשימת "אותיות רבתי ואותיות זעירי ואותיות הנקודות". הוספות אחרות יפורטו להלן. אחרי כל חומש, בספירת-דפים מיוחדת, "סדר ההפטרות" עם שער מיוחד. ספירה אחרונה בכל חלק: תפילת שחרית ומוסף לשבת. הדפים א-מ זהים בכל החלקים, ומדף מא ואילך פיוטים לשבתות מיוחדות. ברוב הטפסים הפיוטים לפי מנהג אשכנז. בחלק מהטפסים הפיוטים לפי מנהג פולין. בטפסים אלה ספירת הדפים האחרונה בכל חומש: בספר בראשית נח דף (בספר שמות לא ראינו); בספר ויקרא קב; בספר במדבר נו; בספר דברים ס. 1: בראשית. תקע"ח. VIII עמ'; [1], סד, [3]; כד, ד; נד דף. 2: שמות. תקע"ח. [1], סה-קיט, [8]; כח; עח דף. 3: ויקרא. תקע"ט. [1], קיט-קנט; כד; פ דף. 4: במדבר. תק"ף. [1], קנט-רטו, [2]; טז; נ דף. 5: דברים. תקפ"א. [1], רטז-רסו; יח; נב דף.