הגהות הרי"ף ומפרשיו, מאת ר' תם ן' יחייא ובנו ר' גדליא ן' יחייא, כוללות גם הגהותיהם של ר' בצלאל אשכנזי ור' יצחק לוריא וכן הגהות מספר הרי"ף של ר' אברהם טריוויש צרפתי "מוגה מידי אבותיו ואבו' אבותיו". ר' בנימין מוטאל הוסיף גם מראי-מקומות למאמרי התלמוד שברי"ף ומפרשיו. ההגהות צויינו על-פי דפי הרי"ף דפוס סביוניטה שי"ד. "סיומא דפסקא" הוא סיומו של סי' יב שב"אהלי תם", ביאור אבות נזיקין ותולדותיהם. התשובה קטועה ור' יוסף שלום השלים אותה. הוא השלים גם כמה תשובות אחרות בפנים הספר, הוא חותם: אי"ש [אמר יוסף שלום]. "תמים דעים" הוא אוסף של פסקים, תשובות ופירושי סוגיות, רובם מאת ר' אברהם ב"ר דוד מפושקייר. סי' קכ: הלכות יום טוב, מאת ר' אשר ב"ר משולם. סי' רכה: ספר הצבא, שלוש עשרה כללים בתלמוד מאת ר' זרחיה ב"ר יצחק הלוי. סי' רכו: תשובות ר' משה ב"ר נחמן להשגות על הרי"ף שבספר הצבא. סי' רמ-רמח: "השגות... הראב"ד [מפושקייר] ז"ל על הרב בעל המאור [ר' זרחיה הלוי]". נדפסו בנפרד, בשלימותן, על ראש השנה וסוכה, בשם "כתוב שם", ירושלים תשי"ז. הגהות הספרא נעתקו על-ידי ר' בנימין מוטאל "מספ[ר] חסיד ורב מחכמי א"י". הגהות אבות דר' נתן הן מאת ר' תם ב"ר גדליא ן' יחייא, נכדו של מחבר "אהלי תם". דף צב,ב-צד,א: מפתח הגמרא... בהודעת עניני' ומהותה, מאת ר' שלמה ב"ר אליקים פנצי מרוויגו.