מעבר לשער: הקדמה, מאת ר' יהודה גדליה. כותב בין השאר: "וזה משפט ההגהה לבא' כל מלה קשה מן הערוך או מפירוש רש"י ז"ל הנמצא אתי בקצור גדול עד פרשת ויחי שהעתקתיו מתוך העתקת... ר' שם טוב אלחאנאטי תנצב"ה [הפירוש לבראשית רבה המיוחס לרש"י נדפס בשלמותו בתוך ספר אור השכל, ויניציאה שכ"ז-שכ"ח] ... ביארתי גם כן מלות קשות קצתם מדעתי... עוד נסתייעתי בקצת דברים ועניינים מנוסחת דודי... רבי נסים ביבאש ז"ל ואכתבם בשמו. עוד כתבתי קצת הגדות שבאות בפי' הרמב"ם [צ"ל הרמב"ן] ז"ל על התורה... עוד תקנת[י] נסחת המאמרים כפי מה שמצאתי בתנחומה מכתיבת יד ומתנחומה של דפוס ומרבה רבתי [עיין במבואו של חנוך אלבק למדרש בראשית רבתי, ירושלם ת"ש, עמ' 2] ומהירושלמי וממדרש חמש מגלות והילקוטים וממכילתא". ההגהות והביאורים של ר' יהודה גדליה באו בעיקר בספר בראשית ובספר שמות עד סוף פרשת בשלח. מכאן ואילך לא נדפסו אלא הערות בודדות בפרשת מצורע, קרח, חקת וואתחנן. רוב ההגהות נדפסו תחילה בספר אות אמת לר' מאיר ב"ר שמואל בנבנשתי, שאלוניקי שכ"ה. בראשית רבה נדפס על-פי ויניציאה ש"ה, אלא שבהרבה מקומות תוקן הפנים על-פי הגהותיו של ר' יהודה גדליה. עיין במבואו של אלבק לבראשית רבא, עמ' 136. דף פה,ב: "נשלם ספר בראשית... ועת' אנה ה' לידנו הגהות מהר"ר ישכר בער בן נפתלי משעברשין הכהן הנקרא מתנות כהונה הסכמנו להדפיסו גם כן". שמות - דברים נדפסו על-פי קראקא שמ"ז-שמ"ח. מתנות כהונה לספר בראשית נדפס בפני עצמו, בלי הפנים, בשאלוניקי שנ"ה. עיין: יששכר דוב בר בן נפתלי הכהן. קלו דף, עם שער מיוחד: מדרש חמש מגילות רבתא... עם פירוש... מתנות כהונה... שנת השנ"ד ליצירה. על-פי קראקא שמ"ח, עם דברי-הסיום של ר' יששכר בער ושירו ועם דברי המדפיס ר' יצחק מפרוסטיץ. דף קלו,א: "אמר המגיה... ספר מדבר רבה... דברים ... נדפס רובא דרובא בהיותנו בצרת המגפה... נדדנו ממקום למקום ומכפר לכפר... ". עיין: ח"ד פרידברג, תולדות הדפוס העברי באיטליה, תל-אביב תשט"ז, עמ' 137-136.

פירוש ספר בראשית רבה ממתנות כהונה... המחבר... ר' יששכר בער בן נפתלי משעברשין כהן צדק... דפוס האחים השותפים במצות אביהם מתתיא בת שבע,

נדפס כהשלמה למדרש רבה הוצאת שאלוניקי שנ"ד, בה נדפס הפירוש "מתנות כהונה" לספר שמות-דברים ולחמש מגילות. עיין: מדרש רבה. ראינו טופס עם שער שונה במקצת, שנשמטו ממנו המלים "משנת השנ"ה ליצירה".