R. Alkabez, in order to understand the secrets of the Zohar, used to go out with his students to pray and meditate on the graves of zaddikim. This practice was called gerushin ("banishment"). During these gerushin-peregrinations, they concentrated on rousing their contemplative powers spontaneously and without any previous preparation. R. Alkabez had a powerful gift for stimulating spiritual revivals and mystical life. His best-known disciple was R. Moses Cordovero (who married Alkabez' sister). More than any other scholar in Safed and in Turkey, he made extensive use of the kabbalistic writings of R. Eleazar b. Judah of Worms, particularly Sha'arei Binah and Ma'aseh Roke'ah. His attitude toward the sciences was negative. He often quoted commentaries of latter-day authors, some of whom lived close to his own times, as well as his older contemporaries. Among these were the treatises on the Bible by R. Joseph Gakon and R. Joseph Jabez he-Hasid. He also quoted from his father R. Moses Alkabez, his uncle R. Joshua, R. Joseph Taitazak, and the great halakhist R. Jacob Berab (c. 1474–1541).

A collection of R. Alkabez' prayers has been preserved (Moscow, Ms. Guenzburg 694, and Paris Ms. 198). They contain supplications, confessions, admonitions, and songs of praise, both in the form of hymns and of meditations in the style of Gabirol's "Keter Malkhut." R. Alkabez probably initiated the custom practiced by the kabbalists of Safed of going out to the fields to welcome the Sabbath with a recital of his hymns. His "Lekhah Dodi" achieved unparalleled popularity, and is sung in Jewish communities at Kabbalat Shabbat. "Lekhah Dodi" was accepted soon after it was written and was introduced into the prayer book in 1584 (Sephardi version, Venice).

His works include: Ayyelet Ahavim (1552, on the Song of Songs); Shoresh Yishai (1561 or 1566 on Ruth); Divrei Shelomo on the Minor Prophets; Ne'im Zemirot on Psalms; Pizei Ohev on Job. The titles of his other works on the Bible are not known. His sermons are also found in the book Or Zaddikim. His other writings are all kabbalistic: Ozar Nehmad, Amarot Tehorot, on the Sefirot and some sayings of the Zohar; Appiryon Shelomo, Beit Adohai, Beit Tefillah constitute "a comprehensive interpretation of all the prayers of the year"; Berit ha-Levi, a commentary on the Passover Haggadah in both the literal and the kabbalistic manner; Lehem Shelomo, the devotional rules of the meals, in the kabbalistic manner; Mittato shel Shelomo on the mystical significance of sexual union; Sukkat Shalom, Avotot Ahavah, Shomer Emunim, prayers and litanies.

עם הפנים, בלתי מנוקד. בראשי העמודים: "מדרש מגילת אסתר". מעבר לשער הקדמת המביא לדפוס: "אמר מרדכי ן' ... ר' ברוך מטיוולי זצ"ל מתושבי צפת... כיוון שזכני ה' ובא לידי ספר מנות הלוי ... אשר היה טמון בעפר, אוציאנו לאורה ... ותהי משכורתי ... כי ישיבני ה' אל ארץ הצבי כבראשונה, ולא אחוס לאגורת כסף אם תכפל עלי ההוצאה...". ההקדמה נדפסה ב-24 שורות. יש טפסים בהם בהקדמה 21 שורות בלבד. ראה: י' ריבקינד, דקדוקי ספרים, קרית ספר, י, תרצ"ג-תרצ"ד, עמ' 496-493. דף [4-2]: שני מאמרים מאת בן המחבר, ר' משה אלקבץ (בגוף הפירוש הוספות רבות ממנו) ומאמר נוסף "מצאנו בכתובת יד להרב המחבר, בשם... ר' יוסף יעבץ זלה"ה, פי' פרשת מלכים [מלכים א, יח] וישלח אחאב". בדף א, בראש הקדמת המחבר, "מליצה" לכבוד הספר מאת ר' יוסף ב"ר יצחק הכהן, גיסו של המחבר, עם שיר, פותח: ידיד שת תמורת תשורת מגדים. דף ריו-רלא,א: מפתחות. בדף האחרון: "מצאנו בכתיבת יד להרב... יעקב בירב", מאמר על שמואל א, ד, יז. בהמשך דברי המגיה ר' יצחק ב"ר גרשון טריויס, עם שיר הפותח: ברוך הא-ל צור ישראל הגביר חסדו הרבה כחי. נגמר בדפוס ביום ג יו אלול שמ"ה. ראינו טופס שונה בו נדפסו 4 הדפים הראשונים מחדש בשינויים הבאים: בשער נדפס "המקבל" במקום "המקובל"; מקום הדפוס נדפס בשורה השלישית מלמטה, ואילו בטופס הראשון בשורה האחרונה; הקדמת המהדיר ר' מרדכי מטיוולי נדפסה בדף [4], ב והיא שונה לחלוטין. נאמר כאן שהפירוש הושלם על יד בנו של המחבר ר' משה זצ"ל, דיין "במדינת צובה". כמו כן יש כאן דברי שבח לכבוד שלמה דשירץ מקושטא ואמו סולטנה, ובסוף שיר בשבחם, פותח: מגילה מגלה לעם אל סגלה. ראינו גם טופס בו נוסף בסוף הספר (אחרי המאמר של ר' יעקב בירב) ביאור מאת ר' מנחם עזריה מפאנו "להבנת המאמר המזוהר לסעודת[!] שלישית דשבת פרשת אמור". דברי המגיה טריוויס נדפסו כאן בדף מיוחד שנוסף בסוף הספר. מסתבר שזו ההדפסה המקורית של הספר ואחר כך השמיטו את הביאור של הרמ"ע מפאנו וממילא נשמט גם הדף האחרון, ששוב לא היה בו צורך. בבית הספרים הלאומי והאוניברסיטאי מכורך בכרך אחד המחצית הראשונה של הטופס עם השינוי שבראש הספר, והמחצית השניה של הטופס עם השינוי בסוף הספר (תוספת המאמר של הרמ"ע). לא ברור אם יש קשר בין שני השינויים הללו, ועיין ריבקינד, שם; א"מ הברמן - י' יודלוב, המדפיס זואן די גארה, לוד תשמ"ב, מס' 73.