Among his published works, most of which were written after the expulsion, are four theological-homiletic compositions, which treat three main questions: Hasdei ha-Shem (Constantinople, 1533), on the Diaspora and messianic expectations; Or ha-Hayyim (appended to Ma'amar ha-Ahdut, Ferrara, 1554; separately Shklov, 1796), on Jewish philosophy and its influence upon the fate of Spanish Jewry; and two short treatises (published with the first edition of Or ha-Hayyim), "Ma'amar ha-Ahdut" (Ferrara, 1554) and "Yesod ha-Emunah" (appended to Ma'amar ha-Ahdut), on the ikkarim, the "dogmas" of Judaism.

In asserting that philosophical rationalism was to blame for the choice by so many Spanish Jews of conversion rather than exile and suffering, he expressed the feeling of many of his contemporaries. Jabez – who hated philosophy – maintained that the philosophical intellectuals did not consider the observance of the commandments as the most important aspect of religious life, and therefore were not prepared to sacrifice themselves for that observance. He did not attack Maimonides directly, but accused Maimonides' pupils and followers of distorting his views and thus of bringing the religious catastrophe upon Spanish Jewry.

Similarly, in his treatment of the question of the ikkarim, R. Jabez opposed all his predecessors who attempted to formulate a rational basis for the dogmas of Judaism, claiming that rational proof of a dogma leaves no room for religious belief. Accordingly, he did not include the existence and unity of G-d – which, he maintained, can be rationally proved – among the three main dogmas he proposed, namely, the creation of the world, divine providence, and the belief in redemption and the coming of the Messiah. Although polemics against many contemporaries comprise much of his writing, Hasdei ha-Shem contains elements of hope in its description of the exile as necessary for the expiation of the people's sins, and the great Jewish sufferings in his own day as indicative of the approaching redemption.

Besides these theological works, all printed in several later editions as well, Jabez' writings include a commentary on the tractate Avot (Constantinople, 1533), one on Psalms (Salonika, 1571), and many other works still in manuscript.

מעל דגל המדפיס: מס' 110. זה המספר שקבע המדפיס לספר הנוכחי. בטופס של ההוצאה הראשונה, פיררא שי"ד, שעל פיה נדפסה ההוצאה הנוכחית, חל שיבוש בסדר הדפים של קונטרס ב. הדפים נכרכו בסדר הבא: 6, 5, 8, 7. המדפיס לא הבחין בטעות והדפיס את הספר בצורה שלפניו. רוב ההוצאות הבאות חזרו ונדפסו בשיבוש, על פי הוצאת נאווי דוואהר. עיין: ארבל צוריאנו (ראובן אליצור), טעות לעולם חוזרת, יתד נאמן, ג אב הסכמה: ר' יונה ב"ר יצחק כהנא רפאפורט, נאווי דוואהר, כא טבת תקנ"ד. תשנ"ו, מוסף שבת, עמ' 15.

יסוד האמונה בעמ' האחרון: גיליון בשם הר' אליעזר מגרמיזא ז"ל. מעל דגל המדפיס מס' 111. הסכמה: ר' יונה ב"ר יצחק כהנא רפאפורט, נאווי דוואהר, כא טבת תקנ"ד.

אור החיים... במצות והוצאות ... ר' ברוך במהור"ר צבי הירש זצ"ל ... הסכמות: ר' גרשון הכהן, ווענגראבי, ד שבט תקנ"ד; ר' יונה ב"ר יצחק כהנא רפאפורט, נאווי דוואהר, כא טבת תקנ"ד. מעל דגל המדפיס מס' 112, הוא מספר הספרים שנדפסו על-ידי יאהאן אנטאן קריגר. עיין: קרית ספר, י, תרצ"ג-תרצ"ד, עמ' 374-372.