In 1857 he traveled to the Oriental countries as the emissary of the Perushim community, to raise funds for the construction of the great synagogue in the courtyard of the Hurvah of R. Judah Hasid and for the talmud torah. He at first intended to go to Egypt and Aden, and from there by sea to India, and was among the first to see the treasures of the Fostat Genizah, an account of which is found in his works. In Egypt he was defrauded of most of the money which was intended for his journey to India, and his financial plight brought him to Yemen. Endangering his life, he embarked on a small sailing craft for Jedda, the port of Mecca, and from there continued to Hodeyda, the port of San‘a, the capital of Yemen (beginning of 1858). He first thought of proceeding to Aden in order to enter the interior of Yemen by the Tariq al-Yaman ("Road of the South"), but lacking transport, he entered the interior by the road known as Tarīq al-Shām ("Road of the North"). After walking for three days along the desolate coastal plain (Tihāma) to the Harāz mountains, Saphir met the first Yemenite Jews, and when he reached the nearby town of Jirwāh, he was deeply impressed by them and their way of life, which he mentioned in a letter to Jerusalem. From there he went on to Hajara, Mudmar, Manākha, and Yafīd in the Hayma mountains. Near Yafīd all his possessions, including his credentials as an emissary, were stolen from him. From Yafīd he went to Qaryat al-Qābil in the vicinity of San‘a, where the Jews advised him not to visit San‘a because of the severe living conditions for the Jews which prevailed there during that period. In the meantime Saphir visited Shībam, where he celebrated Purim, and from there, by way of Kawkabān, he reached San‘a, staying there during the whole of Passover. With San‘a as his base, he visited ‘Amrān – spending Shavuot there – Hajjah, and Kuhlān, which was the northernmost place that he reached. To the east of San‘a, he visited Sa‘wān and Tan‘im. He stayed in Aden for more than a month and celebrated the Day of Atonement and Sukkot, sailing from there to India on Nov. 5, 1859. After traveling to India, Java, Australia, New Zealand, and Ceylon, Saphir once more returned to Aden, three years and four months later. On this occasion Saphir again thought of visiting the interior of Yemen, having become deeply attached to its Jews since his first visit; nonetheless, he refrained from doing this after hearing of the persecution of the Jews by the imām al-Mutawakkil. Saphir returned from Aden to Jerusalem by way of Jedda and Egypt (May 1863), after an absence of four years and ten months. Upon his return to Jerusalem he recorded his travels in Even Sappir. In 1869 Saphir was again sent to Egypt and the European countries, as emissary of the Bikkur Holim hospital of Jerusalem, and he was once more the emissary of the above institution in 1873 when he went to Russia. Upon his return to Jerusalem he continued to take an interest in Yemenite Jewry, and when he learned of the impostor who appeared as the pseudomessiah Shukr Kuhayl, he wrote an Iggeret Teiman ha-Shenit ("Second Epistle to Yemen") in which he warned the Jews of Yemen to beware of him (published Vilna 1873).

חלק א: יוצא לאור בפעם ראשונה ע"י חברת מקיצי נרדמים (שנה שניה, תרכ"ה-תרכ"ו). בספר גם תולדות המחבר, תיאור ספרים עתיקים (כתבי-יד) שראה בדרכו; ידיעות על היהודים באתיופיה; אגדות על יהודי חיבר, בני משה ועשרת השבטים; בירורים בהיתר שיבה למצרים, חקירה במניין השטרות, שירים ותפילות מפייטנים שונים בתימן וגם משירי המחבר.

הסכמות, בחלק א: ר' מאיר ליבוש מלבים, פאריס, תשרי תרכ"ה; ר' זלמן אולמאן ור' אליעזר איזידאר, פאריז, יג תשרי תרכ"ה; ר' שלמה מונק, פאריז, ב נובימביר 64[18]; שניאור ב"ר צמח זקש, פאריז, ג לך לך תרכ"ה; אברהם ב"ר אבא שמואל (פירקאוויץ) דמתקרי אבן רש"ף, ירושלים, א אדר-ב תרכ"ד. בספר ב: ר' אברהם אשכנזי, ראשון לציון, ירושלם, ח אדר-א תר"ל; ר' מאיר אויערבאך, ירושלם, כג כסלו תרל"ב.

חלק א: Lyck, מקיצי נרדמים, דפוס Siebert Rudolph, 1866.[10], קיא דף. בשער גם הפרט: בשנת ר'נ'י' ו'ש'מ'ח'י' [תרכ"ד!]. תיאור מסעו למצרים בשנת תרי"ח-תרי"ט, ים סוף ותימן. בתיאור המסע למצרים נכללו רשמים מנסיעתו השנייה, בשנת תרכ"ד. ספר ב: יכלכל בית עדן, הודו... סינגאפור... אוסטראליע... ציילאן, שיבת ירושלם. ונוסף... הערות רבות ... העתק מספר הללי וממחברת התיג'אן מתימן. מגנצא, בדפוסי ועל ידי יחיאל ברי"ל חתן המחבר, שנת ב'ר'ו'ך' א'ת'ה' [תרל"ד]. [10], רלז, [1] עמ'. לספר שני שער נוסף: ... Saphir Eben עמ' קמט-קנב: "משיח שקר", על יהודה בר שלום המכונה שוכר אל כחיל [הראשון] מצנעא, משיח שקר מתימן. נדפס תחילה בשם "חדרי תימן" ב"הלבנון", שנה א, תרכ"ג, גליון ו; שנית, בשם "החולם חלום בא עד הלום", שם, שנה ג, תרכ"ו, גליון 12, עמ' 184-182, ושלישית בראש ספרו "אגרת תימן השנית", תרל"ג, עמ' 5-3. כאן נדפס בהוספות. עמ' קעד-קצח: "דברי חפץ", על חילופי נוסחאות בכתבי היד שהביא עמו המחבר ממסעותיו. עמ' קצט-ריג: מספר הללי הסופר, מלאים וחסרים בתורה, מכתיבת יד. כולל חסרות ויתרות מחמישה חומשי תורה על סדר הפרשיות. עמ' ריד-רכז: "חרוזים" ו"מאמרים", שהעתיק מתנ"ך כתוב על קלף, אשר קנה בצנעא (עי' חלק א, דף קא,א). "ועל דעתי כולם או רובם הם מבן אשר" (משה בן אשר). כולל החרוזים "סדר סוד התורה" והמאמרים: סדר סוד התיבות; סדר קרי ולא כתיב; וזה פירוש כתיב ולא קרי; מספר השנים של ספרים; אלו הנביאים שנתנבאו על ישראל. עם הערות וציונים מאת ספיר. עמ' רכח-רלא: סדר הסדרים, העתק ממחברת התיגאן כ"י. בשולי העמודים מפוזרות הערות מאת יחיאל ברי"ל, חתן המחבר. (ספר ג): (על אדות היהודים בהוללאנד בכלל ואמשטרדם בפרט). [מגנצא?], חש"מ. [תר"ם?]. [2], כב עמ'. חלק זה לא נשלם בדפוס. ללא שער. מקום הדפוס והשנה של ספר ג לפי א"מ הברמן, הכל תלוי במזל אפילו ספר, ארשת, ג, תשכ"א, עמ' 118, מס' 55. עיין גם: י' י' ריבלין, ר' יעקב ספיר, מאזנים, יא, ת"ש-תש"א, עמ' 394-393, 399-398.