נוסף על "סתרי תורה ומדרש הנעלם ותוספתא", הנז' בשער, נכנסו לתוך ספר הזוהר גם החיבורים הבאים: מתניתין, סבא דמשפטים, ינוקא, רב מתיבתא, ספרא דצניעותא, אדרא רבא, אדרא זוטא, אדרא דבי משכנא, היכלות, רזא דרזין, רעיא מהימנא ופקודין. ועיין: ישעיה תשבי, משנת הזוהר, כרך א, מהדורה שנייה, ירושלים תשי"ז, מבוא, עמ' 23-17. על התיאורים השונים של עבודת המהדירים בהכנת נוסח מתוקן של הזוהר לדפוס, ועל הפולמוס שהתעורר בעקבות ההדפסה, עיין: ישעיה תשבי, הפולמוס על ספר הזוהר, פרקים, א, תשכ"ז, עמ' 143-144. "מור' מקום מהפסוקים ופי' המלות" הנז' בשער חלק א ו"לוח מהפסוקים הנדרשים" הנז' בשער חלק ב לא נדפסו. ראינו טופס שנדפס על נייר כחול, וכן טופס שנדפס על קלף, עבור יצחק בן אלחנן מפאנו. במקביל נדפס הזוהר בקרימונה, והמהדירים של שתי ההוצאות מתפלמסים ביניהם. מדפיסי מנטובה השתמשו בהוצאת קרימונה שי"ט-ש"ך, שהיתה לפניהם עוד קודם שנסתיימה ההדפסה במנטובה, והעתיקו ממנה את מאמרי ה"פקודין". עיין: א. גוטליב, מאמרי ה"פקודין" שבזהר, קרית ספר, מח, תשל"ג, עמ' 500.
[חלק א]: [8], רנא דף. קולופון: תם ונשלם ... ספר בראשית ביום ו כ אב שי"ח. בראש הספר פסק מאת ר' יצחק דלטאש, פיסארו, ראש-חודש אייר שי"ח, בו מתיר הדפסת ספר הזוהר "כי באו ימי פקודה [גאולה]". עם שיר לכבוד הספר. פותח: יקו צועה חזות קרבת ישועתו ביום מהר. אוצר השירה והפיוט, ב, עמ' 423, מס' 3584. דף [4-2]: הקדמת המגיה ר' עמנואל ב"ר גבריאל מקורופולי ממשפחת הגליקי. מספר, בין השאר, על "העתקות חדשים גם ישנים בפנים מפנים שונים" שעל פיהן השתדל "להוציא לאור הגרסא הנכונה. ובכל מה שטרח ומצא השלם כמהר"ר עמנואל איש בנווינטו להגיה ולכוין גרסת העתקתו עם שני העתקות ישרים ... נוסף על יתר ההעתקות המפוזרות בכל גליל אטליאה". והוא ממשיך ואומר: "בכל זאת לא נחה דעתנו עד שמצאנו העתקה אחרת ישנה באה מצפת ... וברוב עלה דידה סמכנו ... קליפת הגרסא אחרת זרקנו ... ובמעוט מקומות שמנו שני גרסאות". דף [8]: שני שירים לכבוד הספר, מאת ר' אברהם ב"ר משלם, חתן ר' יצחק דלטאש. הראשון פותח: הן קול אביר. מלין יכביר. על משביר ספר הזהר. אוצר השירה והפיוט, ב, עמ' 152, מס' 841. השני פותח: יום זרחה שמש ואור זהר. האיר פני תבל וכל רוח. שם, עמ' 339, מס' 1751.
[חלק ב]: ספר ואלה שמות מהזהר ... ובסוף הספר לוח הפסוקים הנדרשים בו. הודפס והוגה ע"י ... ר' עמנואל בכמ"ר יקותיאל זצ"ל איש בניונטו והצעיר אברהם יצ"ו בכמ"ר משלם זצ"ל ממודינא. בשנת ח'ו'ש'ה' לעזרתנו (שי"ט). רסט דף. מעבר לשער: "אמרו המגיהים ... מצאנו ראינו ספר הזהר [קרימונה שי"ט-ש"ך, שנוספו בו] ... קצת מאמרי ספר הבהיר ומדרש רות ... מאמרים מספר התקונים ... מאמרי רעיא מהימנא ... ולא יזכרו בשם רעיא מהימנא ... כאשר העתיקו אותם מספרים משבשים ... לכן ... נודיע ... כי לא ... עלתה על רוחנו לשים בין מאמרי הזהר מאמרי הבהיר ומדרש רות לפי שכבר נדפסו בספר ... ר' מנחם מריקנטי זצ"ל בפי' התורה [ויניציאה רפ"ג] ... ומאמרי ספר התקוני' שהוסיפו הם בפרשת בראשית כבר נדפסו בתקון סט מספר התקונים [מנטובה [שי"ח]". ברוב הטפסים נשמטו דברי המגיהים שמעבר לשער.
[חלק ג]: ספר ויקרא מהזהר ... הודפס והוגה ... ע"י הצעיר כמ"ר אברהם יצ"ו בכמ"ר משלם זצ"ל ממודינא, [דפוס] יעקב כהן מגאזולו, בשנת ב'ש'ו'ב'י' את שבותיכם [ש"ך]. קטו דף.
[חלק ד]: ספר במדבר סיני - (ספר אלה הדברים) מהזהר ... הודפס והוגה ... ע"י הצעיר כמ"ר אברהם יצ"ו בכמ"ר משלם זצ"ל ממודינא, בשנת ב'ש'ו'ב'י' את שבותיכם (ש"ך). [2], קיח-ש דף.
בדף האחרון דברי-סיום מאת המגיה, ר' אברהם ב"ר משלם ממודינא, כב אדר-א ש"ך. מודיע, שהגיה את הספר על-פי "חמשה וששה העתקות מספרי הזהר ... ובפרשת ויקרא הדפסתי בראשה מאמר אחד שלא נמצא בזולתם מהעתקות הביאו מסאלוניקי ... המנוח כמהר"ר עמנואל זלה"ה מביניונטו ... ובריש פרשת פנחס ובאמצעיתה מאמרים שלא נמצאו בשום העתק כי אם בזהר אחד הובא מצפת". דף ש,ב: שיר בשבח הספר [מאת ר' אברהם ב"ר משלם]. פותח: זהר נשלם. אור העולם. כל רז נעלם. אלים גובר. אוצר השירה והפיוט, ב, עמ' 208, מס' 76.