הספר מחולק לששה "מאמרים". עמ' 253-251: סדר תנאים ואמוראים. 62 עמ': "חלק שני לספר יוחסין". [1]: יוסף הכהן נגד אפיון. מתורגם ממני בשלימות מספר יוזיפוס בלשון יון ובשאר לשונות, לא כנוסח הקצר... דקונסטנטינא [שכ"ו]"; [2]: בנין הורדוס, לקוח מספר חמש עשרה ליוזיפוס פרק יא; [3]: אגרת רב שרירא גאון. "מתורגם ממני ללשון המשנה, לפי כתבי יד". עם השינויים שבנוסח הנדפס בספר חופש מטמונים (1845 Berolini) ובשומר ציון הנאמן (אלטאנא תרי"א-תרי"ב, גליון קו-קיז); [4]: הערה מאת ר' דוב גאלדבערג; [5]: אגרת ר' אברהם פריצול בענין עשרת השבטים; [6]: אגרת יהושע בן נון; [7]: תיקונים מאת רפאל קירכהיים, "אחרי צאת חלק ראשון לספר יוחסין השלם לאור". אגרת רש"ג (מס' [3]) במהדורה זו היא בעיקרה העתקה מארמית לעברית של הנוסח שבספר יוחסין דפוס קושטא. ראה: ב. מ. לוין, אגרת רב שרירא גאון, חיפה תרפ"א, מבוא, ד' יג-יד. הדף הראשון של מהדורת פיליפובסקי נדפס פעמיים, בשתי נוסחאות שונות זו מזו. ראה לוין, שם. מס' [6-5] נדפסו כבר בהוצאות הקודמות של הספר, וחזרו ונדפסו כאן ללא שינוי. החלק השני כולו (62 עמ') נדפס וצורף לספר לאחר צאתו לאור של החלק הראשון (רוסט, עמ' 40, רושם טופס ללא 62 עמ' אלו). צייטלין (קרית ספר, לייפציג 1895-1891, עמ' 85-84) רושם חלק זה כספר נפרד: תשלום היוחסין, אדינבורג 1860. המסדר עצמו צירף אחר כך חלק זה, בשם "תשלום היוחסין", לספרו מועד מועדים (לאנדאן תרכ"ח), ושם הוא קורא לו "חלק שני לספר יוחסין".